費格遜和堅尼攜手創下三連冠佳績
一月份遠征南美，曼聯沒有如願捧回獎杯，畢竟在悶熱的氣候條件下，想在巴西打贏巴西球隊的任務太過艱巨。但曼聯在南美的陽光下，卻得到了極其寶貴的休息。他們在回到英格蘭後，精神抖擻地投入聯賽，並一路領先對手，四月份就提前獲得了聯賽獎杯。但曼聯面臨的新問題是，守門員的位置上自舒米高離去後，一直找不到合適人選。
1999/2000 賽季，包括保斯尼治（Mark Bosnich）在內的幾個門將都沒法在曼聯坐穩位置。於是，2000 年 7 月，巴夫斯（Fabien Barthez）在法國隊連奪世界杯、歐洲國家盃冠軍後能夠加盟曼聯就不足為奇了。
巴夫斯這位法國隊的正選門將性格有趣，身手不凡，他幫助曼聯在 2000/2001 賽季獲得聯賽三連冠，英格蘭歷史上只有為數不多的幾個球會能獲此殊榮。最近的一次三連冠的得主是 1982 年至 1984 年的利物浦隊，但利物浦是在兩個教練的帶領下成就三連冠偉業的，這兩位教練分別是比斯利（Bob Paisley）和費根（Joe Fagan）。
雲尼和巴夫斯
而曼聯的三連冠背後，費格遜居功至偉，他成為英格蘭足球歷史上第一個完成帽子戲法的球隊教練。在連續奪下第三個聯賽獎杯後，費格遜宣布將在 2001/2002
賽季結束後辭去領隊一職。與此同時，他的助手麥卡倫（Steve McClaren）也宣布他將前往米杜士斯堡接替白賴仁笠臣擔任球隊領隊。
為了填補麥卡倫留下的空缺，費格遜將曾在曼聯隊中效力的占賴恩（Jim Ryan）和費倫（Mike Phelan）分別擢升為助理領隊和曼聯一隊教練。但費爵爺另一邊也為球隊陣容方面補充。他把後衛主力史譚（Jaap Stam）賣給了拉素。這個決定讓所有人大吃一驚，就連史譚本人也深感意外。
巴夫斯在法國隊的隊友，參加過 1998 世界杯的白蘭斯（Laurent Blanc）轉會到了曼聯，他在隊中頂替了史譚的位置，跟他合作的是韋斯布朗（Wes Brown）、加利尼維利或朗尼莊臣（Ronny Johnsen）。
許多人認為費格遜在先後花大價錢買入雲尼斯杜萊（Ruud van Nistelrooy）和華朗（Veron）後，白蘭斯會是他在領隊位置上收購的最後一個球星。但爵爺在 2002 年 1 月，又大筆一揮，簽下了在獨立隊效力的烏拉圭前鋒科蘭（Forlan）。
但科蘭在隊中很難穩定位置，因為雲尼斯杜萊已經創下了在聯賽中連續 8 場進球的記錄。在這八場比賽中，曼聯都取得了勝利。八連勝後的曼聯重新拾回了衛冕聯賽冠軍的信心，然而 2001/02 賽季結束的時候，球隊並沒有能夠重現往日一騎絕塵、引領群雄的風採，足總杯上被米杜士堡淘汰，歐冠盃又於八強止步，而英超聯賽中也僅僅獲得第三名，為此費格遜宣布繼續留任，決心在 2002/03 賽季引領曼聯再創輝煌。
2002/03 球季，曼聯在一度落後 11 分的情況下，在聯賽追上了阿仙奴，最後更重奪了聯賽冠軍。不過今屆歐冠盃亦在八強負於皇家馬德里而止步。
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